研究関連

株式会社テンクーでは大学等研究機関と連携し、公的研究費を用いた研究や共同研究に取り組んでいます。

研究資金・連携実績

公的研究費

JST CREST 「動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発」

研究期間: 2012.10-2018.03
本研究では、ヒト幹細胞の形態と機能を調節する転写因子全てを、１つずつ操作することによって、全遺伝子の発現パターンが時間とともに、どのように変化していくかを詳細に調べます。 この前例のない大規模かつ高精度のデータを最新のコンピューターで解析することによって、今まで不可能とされてきた多様で複雑な転写因子ネットワークの構造とその動態解明に挑みます。ネットワークを人為的に精密制御できる方法を開発することで、生命の数理的理解を目指すとともに、再生医療、医療工学で必要とされる様々な細胞種を自由自在に創り出す基盤技術も創出します。

プロジェクトについて(プロジェクト代表 洪チームのサイトへ)
公的研究費の管理・運営体制

共同研究

国立がん研究センター 「人工知能を用いた肺癌次世代シーケンス解析データのレポート作成システムの開発」

研究期間: 2018.04-2023.04
本研究は、次世代シーケンサーを用いた肺がんの遺伝子解析結果のレポートを作成する人工知能を開発することを目的としています。
LC-SCRUM関連研究のデータベースを用いて対象となる患者さんを選択し、対象患者さんの肺がんの遺伝子解析データと診療情報を用いて解析します。

本研究は、以下のLC-SCRUM関連研究に登録された患者さんを対象にしています。

  • RET融合遺伝子等の低頻度の遺伝子変化陽性肺癌の臨床病理学的、分子生物学的特徴を明らかにするための前向き観察研究
  • PI3K/AKT/mTOR経路の遺伝子変異を含む稀な遺伝子異常を有する小細胞肺癌の臨床病理学的、分子生物学的特徴を明らかにするための前向き観察研究
  • 肺癌免疫療法におけるバイオマーカー探索のための前向き観察研究LC-SCRUM-Japan附随研究Immuno-Oncology Biomarker Study
  • Cell free DNA を用いた次世代シーケンサーによるmultiplex遺伝子解析の有効性に関する前向き観察研究

詳細情報
LC-SCRUMについて (国立がん研究センターのサイトへ)

共同研究

国立がん研究センター 「人工知能を用いた統合的ながん医療システムの開発」

研究期間: 2019.07-2022.03
本研究は、国立がん研究センターの、呼吸器内科、呼吸器外科、病理診断科、放射線治療科のそれぞれのデータベースに蓄積されている診療情報と、国立がん研究センター研究所の、患者の献体のゲノム情報やエピゲノム情報などが測定されたデータを統合し、解析します。
診療、治療、創薬のターゲット探索などを可能にし、悪性腫瘍の診療成績の向上につなげることを目的としています。

医療機関等との関係の透明性に関する取り組み

株式会社テンクー(以下、当社)は、「医療機関等との関係の透明性に関する指針」 にもとづき、医療機関等への支払に関する情報(以下、本情報)を公開いたします。

本情報の閲覧に際し、下記の行為またはそれに準ずる行為は行わないでください。

  • 当社または第三者に対して、財産、信用、名誉、プライバシー等の毀損、侵害する行為、またはそのおそれのある行為
  • 当社または第三者に対して不利益もしくは損害を与える行為、またはそのおそれのある行為
  • 本情報を営利目的で利用する行為
  • 本情報を無断で転載、掲載、転用、加工等を行う行為
  • 本情報を破壊、改ざん等する行為
  • 犯罪行為もしくは犯罪行為に結びつく行為またはそのおそれのある行為
  • 公序良俗に反する行為もしくは法令などに違反する行為、またはその恐れのある行為
  • その他、当社が不適切と判断する行為

本情報は掲載後に予告なく変更される場合がありますので、予めご了承ください。

株式会社テンクー 2017年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2018年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2019年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2020年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2021年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2022年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2023年度 医療機関等への資金提供に関する情報
株式会社テンクー 2024年度 医療機関等への資金提供に関する情報

研究成果

論文誌

    1. Takeuchi T, Horinouchi H, Takasawa K, Mukai M, Masuda K, Shinno Y, Okuma Y, Yoshida T, Goto Y, Yamamoto N, Ohe Y, Miyake M, Watanabe H, Kusumoto M, Aoki T, Nishimura K, Hamamoto R. A series of natural language processing for predicting tumor response evaluation and survival curve from electronic health records. BMC Med Inform Decis Mak. 2025 Feb 17;25(1):85. doi: 10.1186/s12911-025-02928-6. PMID: 39962486; PMCID: PMC11834625.
    1. 長谷川 一男, 大西 幸次, 青島 央和, 西村 邦裕, 飯泉 桜, 平岡 学, 澤 祥幸, 肺癌患者の個別化医療の経験・認識に関するアンケート調査, 肺癌/64 巻 (2024) 4 号, p. 290-300, 2024. doi: 10.2482/haigan.64.290.
    1. Hijikata A, Suyama M, Kikugawa S, Matoba R, Naruto T, Enomoto Y, Kurosawa K, Harada N, Yanagi K, Kaname T, Miyako K, Takazawa M, Sasai H, Hosokawa J, Itoga S, Yamaguchi T, Kosho T, Matsubara K, Kuroki Y, Fukami M, Adachi K, Nanba E, Tsuchida N, Uchiyama Y, Matsumoto N, Nishimura K, Ohara O. Exome-wide benchmark of difficult-to-sequence regions using short-read next-generation DNA sequencing. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 11;52(1):114-124. doi: 10.1093/nar/gkad1140. PMID: 38015437; PMCID: PMC10783491.
    1. Sakamoto T, Matsubara T, Takahama T, Yokoyama T, Nakamura A, Tokito T, Okamoto T, Akamatsu H, Oki M, Sato Y, Tobino K, Ikeda S, Mori M, Mimura C, Maeno K, Miura S, Harada T, Nishimura K, Hiraoka M, Kenmotsu H, Fujimoto J, Shimokawa M, Yamamoto N, Nakagawa K. Biomarker Testing in Patients With Unresectable Advanced or Recurrent Non-Small Cell Lung Cancer. JAMA Netw Open. 2023 Dec 1;6(12):e2347700. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2023.47700. PMID: 38100106; PMCID: PMC10724778.
    1. Akabe K, Takeuchi T, Aoki T, Nishimura K. Information retrieval on oncology knowledge base using recursive paraphrase lattice. J Biomed Inform. 2021 Apr;116:103705. doi: 10.1016/j.jbi.2021.103705. Epub 2021 Feb 11. PMID: 33582296.
    1. Nakatake Y, Ko SBH, Sharov AA, Wakabayashi S, Murakami M, Sakota M, Chikazawa N, Ookura C, Sato S, Ito N, Ishikawa-Hirayama M, Mak SS, Jakt LM, Ueno T, Hiratsuka K, Matsushita M, Goparaju SK, Akiyama T, Ishiguro KI, Oda M, Gouda N, Umezawa A, Akutsu H, Nishimura K, Matoba R, Ohara O, Ko MSH. Generation and Profiling of 2,135 Human ESC Lines for the Systematic Analyses of Cell States Perturbed by Inducing Single Transcription Factors. Cell Rep. 2020 May 19;31(7):107655. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107655. PMID: 32433964.
    1. Takeuchi T, Yamada A, Aoki T, Nishimura K. cljam: a library for handling DNA sequence alignment/map (SAM) with parallel processing. Source Code Biol Med. 2016 Aug 17;11:12. doi: 10.1186/s13029-016-0058-6. PMID: 27536334; PMCID: PMC4987990.

国際会議 (ポスター)

    1. K. Oda, D. Shintani, M. Mori, N. Matsumura, K. Kato, S. Nagao, M. Kagabu, M. Takenaka, K. Yoshihara, Y. Konno, J. Hamanishi, A. Nishijima, S. Sato, K. Ueda, K. Kashiwabara, T. Aoki, K. Nishimura, K. Tatsuno, H. Aburatani, K. Hasegawa, "A phase II study of the efficacy of olaparib maintenance monotherapy for patients with HRD-positive, newly diagnosed, advanced, high-grade ovarian cancer, evaluated by whole-exome sequencing (MSBM-OL)", Annals of Oncology (2024) 35 (suppl_2): S585. doi: 10.1016/j.annonc.2024.08.838.
    1. Matsubara T, Sakamoto T, Takahama T, Yokoyama T, Yoshino I, Akamatsu H, Yamaguchi M, Miura S, Tokito T, Tachihara M, Sato Y, Takenaka T, Sugio K, Mori M, Takeuchi T, Hiraoka M, Kenmotsu H, Fujimoto J, Shimokawa M, Yamamoto N, Nakagawa K. The Actual Status of Biomarker Testing and Prognosis in Postoperative Recurrent NSCLC: Subgroup Analyses of WJOG15421L (REVEAL). 2024 World Conference on Lung Cancer (WCLC 2024). 2024 Sep.
    1. Kage H, Aoki T, Shinozaki-Ushiku A, Watanabe K, Akiyama N, Isago H, Ogawa M, Ishigaki K, Kobayashi H, Miyagawa T, Omatsu J, Saito Y, Sasaki K, Sato Y, Sato Y, Suzuki N, Tanaka S, Kato M, Tanabe M, Tatsuno K, Ushiku T, Nishimura K, Aburatani H, Oda K. Use of artificial intelligence to facilitate reporting of comprehensive genomic profiling tests. Cancer Res (2024) 84 (6_Supplement): 2933. doi: 10.1158/1538-7445.AM2024-2933.
    1. K. Hasegawa, K. Onishi, H. Aoshima, K. Nishimura, S. Iizumi, M. Hiraoka, N. Yamaguchi, Y. Kuwahara, R. Tsubouchi, T. Sawa, "MA05.03 Questionnaire Survey on the Experience and Awareness of Personalized Medicine in Patients with Lung Cancer", The IASLC 2023 World Conference on Lung Cancer: WCLC2023, Singapore, 2023.9. doi: 10.1016/j.jtho.2023.09.143.
    1. Kage H, Aoki T, Shinozaki-Ushiku A, Watanabe K, Akiyama N, Isago H, Ishigaki K, Odawara N, Sato Y, Sasaki K, Tanaka S, Tanikawa M, Kato M, Tanabe M, Tatsuno K, Ushiku T, Miyagawa K, Nishimura K, Aburatani H, Oda K. Performance of an artificial intelligence-based annotation algorithm for reporting cancer genomic profiling tests. J Clin Oncol. 2022 Jun;40(16_suppl):1151. doi: 10.1200/JCO.2022.40.16_suppl.1551.
  • Y. Nakatake, N. Goda, N. Chikazawa-Nohtomi, Mi. Murakami, C.Ookura, M.Sakota, S. Wakabayashi, M. S. San, M. Jakt, T. Ueno, M. Matsushita, M. Oda, N. Utsumi, M. Ishikawa-Hirayama, N. Itoh, M. Tanino, Y. Ikeda, H. Iijima, T. Miura, M. Machida, K Minami, S. Ko, K. Nishimura, R. Matoba, H. Akutsu, O. Ohara, M. Ko, "Large-scaled transgene activation on human embryonic stem cells", ICSB2015(16th International Conference on Systems Biology),2015年11月.

国内会議 (口頭発表)

    1. 竹内 俊貴, 青木 貴司, 西村 邦裕. 大規模言語モデルを用いた日本語臨床診断からのHuman Phenotype Ontologyの予測. 第6回日本メディカルAI学会学術集会. 2024年6月.
    1. 川嶋 庸介, 阪本 智宏, 松原 太一, 高濱 隆幸, 坂田 晋也, 前田 忠士, 吉野 一郎, 永田 憲司, 秦 明登, 杉尾 賢二, 竹中 朋祐, 岡田 守人, 西村 邦裕, 平岡 学, 釼持 広知, 藤本 淳也, 下川 元継, 山本 信之, 中川 和彦. 進行・再発非小細胞肺癌のバイオマーカー検査と標的治療に関する実態調査プロジェクト: WJOG15421L (REVEAL). 第20回日本臨床腫瘍学会学術集会. 2023年3月;MO31-5.
    1. Sakamoto T, Matsubara T, Takahama T, Yokoyama T, Nakamura A, Tokito T, Okamoto T, Akamatsu H, Oki M, Sato Y, Tobino K, Nishimura K, Hiraoka M, Kenmotsu H, Fujimoto J, Shimokawa M, Yamamoto N, Nakagawa K. 進行・再発非小細胞肺癌のバイオマーカー検査と標的治療に関する実態調査プロジェクト: WJOG15421L(REVEAL). 第63回 日本肺癌学会学術集会. 2022年12月;GL2-1．
    1. Matsubara T, Sakamoto T, Takahama T, Ikeda S, Mori M, Mimura C, Kodama H, Maeno K, Miura S, Harada T, Sawa T, Miyawaki T, Kanaji N, Nishimura K, Hiraoka M, Kenmotsu H, Fujimoto J, Shimokawa M, Yamamoto N, Nakagawa K. A project to investigate the actual status of biomarker testing in unresectable advanced or recurrent non-small cell lung cancer: WJOG15421L (REVEAL). ESMO ASIA CONGRESS 2022. 2022年12月;317P. Annals of Oncology (2022) 33 (suppl_9): S1553-S1559. 10.1016/annonc/annonc1133
    1. Yokoyama T, Sakamoto T, Matsubara T, Takahama T, Nakamura A, Tokito T, Okamoto T, Akamatsu H, Oki M, Sato Y, Tobino K, Nishimura K, Hiraoka M, Kenmotsu H, Fujimoto J, Shimokawa M, Yamamoto N, Nakagawa K. A project to investigate the actual status of biomarker testing in unresectable advanced or recurrent non-small cell lung cancer: WJOG15421L (REVEAL). International Association for the Study of Lung Cancer – IASLC ACLC 2022. 2022年10月．
    1. 竹内 俊貴, 堀之内 秀仁, 高澤 建, 向井 まさみ, 青木 貴司, 西村 邦裕, 浜本 隆二. 自然言語処理を用いた肺がん症例の電子カルテからの治療効果と生存曲線の推定. 第4回日本メディカルAI学会学術集会. 2022年6月.
    1. 西村 邦裕, がんのゲノム医療とAIの取り組み. 日本医療検査科学会第35回春季セミナー. 2021年4月．
    1. 西村 邦裕, クリニカルシークエンスの現場におけるレポーティングの現状と課題. 第40回医療情報学連合大会（第21回日本医療情報学会学術大会）. 2020年11月.
    1. 赤部 晃一, 竹内 俊貴, 青木 貴司, 西村 邦裕. 半教師学習を用いた知識データベースの選別と重要箇所のハイライト. 第2回日本メディカルAI学会学術集会. 2020年1月.
    1. 竹内 俊貴, 赤部 晃一, 青木 貴司, 西村 邦洋. 統合データベースのための専門用語を考慮した再帰的パラフレーズ検索. 第1回日本メディカルAI学会学術集会. 2019年1月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療に向けたインフォマティクス：解析・知識データベース・レポート. 第4回クリニカルバイオバンク学会シンポジウム, 2018年7月.
    1. 西村 邦裕, 青木 貴司, 竹内 俊貴, 伴 祐樹, 井村 純, "ゲノム医療を目指したアノテーションのための知識データベース Chrovis Database", NGS現場の会 第5回研究会, 2017年5月.
    1. Y. Nakatake, N. Goda, N. Chikazawa-Nohtomi, M. Murakami, M. Sakota, S. Wakabayashi, M.S. San, M. Jakt, T. Ueno, M. Matsushita, M. Oda, U. Noriko, M. Ishikawa-Hirayama, N. Itoh, M. Tanino, Y. Ikeda, H. Iijima, T. Miura, M. Machida, K. Minami, S. B.H.Ko, K. Nishimura, R. Matoba, H. Akutsu, O. Ohara, and Minoru S.H. Ko, " Large-scaled transgene activation on human embryonic stem cells", the international symposium, "Structural Biological Dynamics: From Molecules to Life with 60 trillion Cells", 2015年11月.
    1. K. Nishimura, T. Takeuchi, A. Yamada, T. Aoki, "Open-source clojure library for sequence alignment data : cljam", 生命医薬情報学連合大会2015年大会, 2015年11月.
    1. 西村 邦裕, 竹内 俊貴, 青木 貴司, 次世代シークエンサデータの Web 経由での簡単な解析と可視化. NGS 現場の会 第三回研究会、2013年9月.

研究会・セミナー (口頭発表)

    1. 西村 邦裕, メディカルAIへの取り組み：がんゲノム医療を支援するレポーティング.Pharma IT & Digital Health Expo. 2021年4月.
    1. 西村 邦裕, がんのゲノム医療における情報解析（AI)の取り組み. 水産育種研究会 令和3年度研究会. 2021年3月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療における情報解析の現状. JBICバイオ関連基盤技術研究会「ゲノム医療の最新状況」. 2019年3月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療におけるメディカルAIの利活用, Pharm IT & Digital Expo. 2019年3月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療 x AIの取り組み. 医療×AIセミナーシリーズ 第4回「ゲノム医療とAI」（東京大学政策ビジョン研究センター、慶應義塾大学AIメディカルセンター、エムスリー株式会社m3.com編集部). 2019年2月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療における情報技術. 電子情報通信学会 北海道支部 平成30年度専門講習会, 2019年2月.
    1. 西村邦裕, がんゲノム医療とデータサイエンス. BioJapan, 2018年10月.
    1. 西村邦裕, がんゲノム知識データベースの利用法. 日本病理学会研究推進委員会 次世代病理技術講習会, 2018年6月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療に向けた情報解析と知識データベース. 第395回CBI学会講演会, 2018年5月.
    1. 西村 邦裕, データサイエンスとゲノム医療. 第195回知的財産マネジメント研究会（Smips）, 2018年5月.
    1. 西村 邦裕, がんゲノム医療に向けた情報解析の取り組み. 東北大学東北メディカル・メガバンク 第1回ゲノム医療情報学研究会, 2018年4月.
    1. 西村 邦裕, 動的遺伝子ネットワーク解析のためのNGSデータ解析パイプラインの構築. JST CREST「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域　第2回領域会議、日本科学未来館、2013年11月.

紀要

    1. Masahiko Haraguchi, Tom Le, Sebastian Maslow, Paul Midford, Kunihiro Nishimura, "Technology, innovation and governance: Building climate-resilient cities and addressing demographics crises", Asia-Pacific Tech Monitor, 41(4) 31-37, Oct-Dec, 2024 .
    1. 西村邦裕, 「2024年のがんゲノムプロファイリング検査におけるエキスパートパネルの変化」, pp.959-960, BIO Clinica, Vol.39, No.11, 北隆館, 2024年10月.
    1. 株式会社テンクー, 「がんゲノム医療の臨床現場の負担を情報技術で軽減する」, pp.198-199, デジタルヘルストレンド2023、最先端を走る135社が描く「医療4.0」の現在形、加藤 浩晃 編著、メディカ出版、2023年2月.
    1. 株式会社テンクー, 「がんゲノム医療の臨床現場を情報技術でサポートする」, pp.166-167,「Digital Health Trend 2022 「医療4.0」時代に向けた111社の取り組み」加藤浩晃編著、メディカ出版、2022年3月.
    1. 秋山 智彦 , 中武 悠樹, 洪 繁, 小原 收, 的場 亮, 阿久津 英憲, 西村 邦裕, 洪 実,「遺伝子リソースの利用から細胞の寄託へーヒト転写因子の網羅的手解析を可能にするバイオリソース」「生物の科学 遺伝」, pp.552-559, Vol.75, Nov 2021, NTS.
    1. 西村 邦裕, 「情報技術を利用したゲノム診療におけるエキスパートパネル支援」, 腫瘍内科(科学評論社)、第27巻第1号（2021年1月発行）, 特集　先端ゲノム医療とゲノム診療, pp.96-101, 2021.
    1. 西村 邦裕，坂本二哉，石井威望，髙久史麿，渥美英子，栗原雅直，医療イノベーションと健康長寿社会（第2回）：「百歳の心臓」と「がんゲノム医療」をめぐって，「第2部　がんゲノム医療と情報技術」, 臨床評価，Vol.48, No.2, pp.309-333, 2020年10月.
    1. 西村 邦裕, 「ゲノム医療の意義付けのための情報解析ソリューション」, Precision Medicine(北流館), Vol.3, No.11, pp.996-998, 2020/10/25
    1. 竹内俊貴, 赤部 晃一, 西村邦裕, 「統合データベースのための専門用語を考慮した再帰的パラフレーズ検索」, 「医学のあゆみ」第5土曜特集第274巻9号「AIが切り拓く未来の医療」, pp.831-836, 2020年8月, 医歯薬出版株式会社
    1. 西村邦裕, 「大学発ベンチャー表彰2019 株式会社テンクー がんゲノム医療のＡＩサービスChrovis」, JST 産学官連携ジャーナル (2019年10月号), pp.6-7, Vol. 15, No. 10, 2019.
    1. 西村 邦裕, 「クリニカルシークエンシングにおけるがんゲノミクス解析パイプラインの構築」, BIO Clinica (北隆館), Vol.34, No.9, , pp.93-94, 2019年8月.
    1. 西村 邦裕, 「AI技術のがんゲノム医療分野への応用と解決すべき問題点」, 最新醫學, 第74巻3号, pp.341-346, 2019年3月．
    1. 西村 邦裕, 「がんクリニカルシークエンス検査における情報解析」, Precision Medicine (北隆館), 第2巻第2号, pp.136-138, 2019年2月.
    1. 西村 邦裕, 「がんゲノム医療用知識データベースの構築」, pp.25-36, プレシジョン・メディシン ビッグデータの構築・分析から臨床応用・課題まで, NTS社, 2018年10月.
    1. 西村 邦裕, 「がんクリニカルシークエンスにおけるインフォマティクス」, Medical Science Digest(ニューサイエンス社), pp.679-680, Vol.44, No.12, 2018年10月.
    1. 西村 邦裕, 「がん遺伝子パネル検査における治験情報の検索」, 細胞(ニューサイエンス社), pp.590-591, Vol. 50, No. 11, 2018年10月.
    1. 中武悠樹, 納富奈々, 村上都湖, 大倉千明, 迫田実希, 合田徳夫, 若林俊一, MAK Siu San, MARTIN Jakt, 松下美紗子, 秋山智彦, 相馬淳美, 伊東紀子, 小田真由美, 洪繁, 西村邦裕, 的場亮, 阿久津英憲, 小原収, 洪実, 「ヒト多能性幹細胞の分化運命を決定する転写因子の網羅的同定と細胞分化制御技術の開発」, 再生医療, Vol.15, p. 287, 2016年2月

特許

国内特許

  • 特許第6737519号 「プログラム、学習モデル、情報処理装置、情報処理方法および学習モデルの生成方法」
  • 特許第6884436号 「文書表示支援システム及び文書表示支援方法並びに該方法を実行するためのプログラム」
  • 特許第6435467号 「検索システム及び検索システムの動作方法」
  • 特許第7240662号 「検索システム及び検索システムの動作方法」
  • 特許第6777351号 「プログラム、情報処理装置および情報処理方法」
  • 特許第6593763号 「ゲノム解析装置及びゲノム可視化方法」