2012/12

東京大学医学部付属病院 様

複数のアノテーション情報の
重なり合いと関係を計算するシステムの開発

NGSデータや発現データの
統計解析システムの開発

概要
複数のアノテーション情報の重なり合いと関係を計算するシステムの開発を行いました。

また、次世代シーケンシング(Next Generation Sequencing )データや発現データの統計解析システムの開発を行いました。
詳細

NGSのデータや発現データ、その他の生命情報のデータベースが多量にあり、ゲノム上の特定の範囲に様々な意味付け(アノテーション)がなされています。

本案件では、入力データに対してそのアノテーションの処理を自動的に行い、さらにそのアノテーション同士の重なり合いや関係の統計解析を行うシステムの開発を行いました。 汎用性を考慮し、バイオインフォマティクスで利用されている標準的なファイル形式の出力に対応しました。

また、ChIP-SeqというNGS解析では、NGSのデータのピークの検出が必要となります。 本案件では、ピークを検出のためにMACSというアルゴリズムを用いて、NGSデータから自動的にピークを検出するシステムの開発も行いました。

また、生命科学研究者でも簡単に利用できるように、分かりやすいWebインタフェースを実装しました。

  • 複数のアノテーション情報の<br />重なり合いと関係を計算するシステムの開発<br /><br />NGSデータや発現データの<br />統計解析システムの開発